Milli Birlik Komitesi Genel Sekreteri Albay Mehmet Şükran Özkaya 15 Ağustos 1961’de daktilo ettiği yazıda İnönü’nün duruşunu şöyle özetledi: “İnönü idamlara ilişkin, Yüksek Adalet Divanı’na iletmek üzere ABD, Fransa, Birleşik Krallık, Almanya, İran ve Pakistan’dan idamların önlenmesine ilişkin yoğun baskı gördüklerini ifade eden bir yazıyı, MBK Başkanı Cemal Gürsel’e iletti.
İletilen notun altında, ‘Diğerlerini ömür boyu hapis, Menderes, Zorlu, Polatkan’ın idamını onaylamanızı istirham ederim’ notu diğer sanıklardan Bayar ve arkadaşlarını idamdan kurtarmıştır.” Kapak dosyasında ayrıca Cemal Gürsel’in İnönü’nün idam baskılarından bunaldığına da dikkat çekilerek, Cemal Gürsel’in yazdıklarının da Özkaya’yı doğrular nitelikte olduğu vurgulandı.
Mehmet Şükran Özkaya’nın o günlere dair aktardıkları bunlarla da sınırlı kalmadı. İsmet İnönü’nün Cemal Gürsel ve Milli Birlik Komitesi’ne hitaben bir mektup ulaştırdığına dikkat çeken Özkaya, mektubun idam kararının onaylanmasından iki gün önce yani 13 Eylül 1961’de ulaştırıldığını belirtti. Özkaya’nın aktardığına göre İsmet İnönü, Menderes, Zorlu ve Polatkan’ın idamlarına karşı olduğunu beyan etmek üzere verdi. Ancak Özkaya bu mektupla İnönü’nün amacını açık bir biçimde ortaya şu sözlerle koyuyor: “İleride idamları onaylayan lider olmak durumunda kalmamak için mektubu yazdım. Sayın Gürsel ve MBK üyeleri mektubu dikkate almasınlar’ dedi. Bu mektubun birer kopyası gazeteye de verilip, idamlardan sonrasında yayınlanmasını sağlayınız’ diyerek, idamlar konusundaki fikirlerini beyan etti. İdam edileceklerin mâzisi ne ise istikbali bulunan gölgeden başka bir şey değildir. Metin Toker’in idamlar lehine beyanatlarını izleyiniz, takip etsinler, tamamen hemfikirim, infazlar yapıldıktan sonra halkın idamları alkışlayacağından hiç kuşkum yok. Halkımız güce, silaha tapar, korkaktır. Çabuk kabullenir. Senden benden daha fazla idam taraftarı olur. Bu koyun sürüsünü gütmeyi iyi bilirim. MBK üyeleri merak etmesin. Huzur bozulmayacak, memlekete huzur gelecek, her birinin alınlarından öpüyorum’ diyerek beni mektupla uğurladı.”
27 Mayıs’ta Yassıada’ya kapatılan hükümet yetkililerine yapılan insanlık dışı muamelenin de perde arkası yine kapak dosyasıyla gün yüzüne çıktı. 9 Ağustos 1960 tarihinde Milli Birlik Komitesi Genel Sekreteri Albay M. Şükran Özkaya tarafından kaleme alınan talimatnamede, “Silahlı Kuvvetler nezdinde Emniyet Müdürlüğü bünyesinde görevlendirilen subay ve astsubay görevlilerin aşırı dinci, şeriatçı, komünist ve mason teşkilatına üye olanların sorgulamalarında aşırıya kaçtığı birçok defa şikâyet konusu dilekçeyle komiteye bildirilmiştir. Komite bu gibi konuları dikkate almayıp, bu tür faaliyette bulunanların sorgulamalarında kendilerine herhangi bir suç ve sorgulamada bulunulmayacağı, bilakis bu düşünce ve şikâyette bulunanların her türlü muameleyi hak ettiği kanaatini benimsemiştir. Sorgulamalarda ölüm olaylarının tabii olmayacağı, özenle ve dikkatle davranılması hatırlatılmaktadır. Bu tür şikâyette bulunanların da daha sert bir muameleye uğrayacakları hatırlatılarak Türk Silahlı Kuvvetleri’nde, emniyet içerisinde görev yapan subay ve astsubayların listesinin Millî Birlik Komitesi Sekreterliği’ne ivedi gönderilmesini emirlerinize arz ederim”