İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın hazırladığı FETÖ'nün 15 Temmuz darbe girişimine yönelik ana darbe iddianamesinde örgütün TSK'daki sağlık kuruluşlarını örgüt üyesi olmayan askerlere karşı nasıl kullandığı gözler önüne serildi. İddianamede, GATA'daki FETÖ üyelerinin ve askeri sağlık kurullarındaki üyelerinin birçok kişiyi sağlık yönünden askerliğe veya yapılacak işe uygun değildir diyerek çürüğe sevk edildiği vurgulandı. Askeri liselere giren sağlıklı öğrencilerin çürüğe sevk edildiği, ancak başka kuruluşlardan sağlam raporu alan bazı mağdurların geri döndüğü belirtildi. Bir kısmının ise FETÖ ile mücadele edemeyeceğini görerek geri dönmediği vurgulandı.
İddianamede 2013 yılında Balıkesir Astsubay Meslek Yüksek Okulu'ndaki yaşanan bir olay da ayrıntılarıyla yer aldı. 2013 yılının nisan-mayıs aylarında yaklaşık 65-70 civarında astsubay adayına, GATA'da görevli ve FETÖ üyesi olduğu belirlenen Kardiyoloji Uzmanı Doktor Albay Murat Ünlü tarafından kalp kapakçıklarında sorun olduğu gerekçesiyle 'askerliğe elverişsizdir' raporu verildiği belirtildi. Albay Ünlü'nün verdiği raporla elenen bu adayların açtıkları dava ve itirazlar sonucu GATA profesörler Kurulu tarafından yeniden muayene edildikleri kaydedildi. Muayene sonucunda 60 aday öğrencinin sağlam oldukları tespitine yer verildi. 60 aday öğrencinin 'astsubay okullarına' tekrar giriş hakkı kazandığı ifade edildi.
İddanamede ayrıca, FETÖ'nün harp okullarında örgütten olmayan öğrencilerin puanını silme, düşük not verme ve örgütten olanların notlarını yüksek tutarak kadrolaştıkları belirtidi. Sivil liselerden gelen cemaat mensuplarına el altından sınavdan önce soruların verdildiği, bu kişilerin cevap kağıtlarında düzeltmeler yapılarak yüksek not almalarının sağlandığı kaydedildi.
