Eli kanlı örgütün 1980'li yılların başından bu yana sızdığı TSK'daki örgütlenmesi de çözülmeye başladı. Mahrem yapılanma içerisinde “hususi sorumlu” olarak tanımlanan FETÖ'cü askerlerden sorumlu sivil imamların daha çok öğretmenlerden oluştuğu anlaşıldı. Örgüte tam bağımlı kişiler arasından seçilen ve puanlama sisteminde en üst sırada yer alan bu kişilerin “hususi sorumlu” olabilmesi için ayrıca mülakata tabi tutulduğu belirlendi. Bu göreve getirilen isimlerin de en üst seviyede tedbir yaptığı belirtildi.
FETÖ çatı iddianamesinde “en geniş katılımlı silahlı örgütlenme” olarak geçen örgütün asker üniformalı mensuplarını rütbelerine göre sınıflandırıldığı ve buna göre “hususi sorumlu”lara bağlandığı belirlendi. Rütbe yükseldikçe tedbirin daha da arttırıldığı, hücre yapılanmanın daraldığı tespit edildi. Buna göre, 7 uzman çavuşa bir imam atanırken, 5 astsubaya bir imam atanıyor. Subay rütbesine geçilince ise bu sayı daha da düşüyor. Teğmen-yüzbaşı rütbesinde olan 4 kişiden, yarbay-albay rütbesinde olan 3 kişiden birer imamın sorumlu olduğu belirlendi. Yani yapılan örgüt toplantılarında bu sayıların üstüne çıkılmaması için dikkat edildiği belirlendi.
TSK içerisinde sayısı diğer rütbelere göre daha az olan ve üst sıralarda yer alan FETÖ'cü generaller için tedbirlerin daha da arttırıldığı anlaşıldı. Buna göre, sadece 2 generale bir hususi sorumlunun atandığı kaydedildi. FETÖ'nün istihbaratçı generallere karşı ise özel hassasiyet gösterdiği ortaya çıktı. Sızma ihtimalini göz önünde bulunduran ve buna karşı tedbirli davranan örgütün her 1 istihbaratçı generale bir hususi sorumlu atadığı, yani birebir ilgilenmenin söz konusu olduğu tespit edildi.
FETÖ ile tüm irtibatlarını koparan örgüt abilerinin, yaptıkları salı ve perşembe toplantılarında, sorumlusu olduğu kişilerle ilgili not aldıkları belirtildi. “Himmet verdi-vermedi, namaz kıldı-kılmadı, talimatları yerine getirdi-getirmedi, disiplinli davrandı-davranmadı” şeklinde tutulan notların örgüt hiyerarşisinde daha üst sırada yer alan imamlara iletildiği, buna göre de puanlama yapıldığı kaydedildi. FETÖ'cü askerlerin örgüt hiyerarşisindekini yerini de bu notların belirlediği tespit edildi. FETÖ'nün TSK'daki üyeleri için 5'lik sisteme göre puanlama yaptığı belirlenmişti.
