Torkham, principal poste-frontière entre les deux pays situé à 170 km de chaque capitale, a rouvert samedi matin, ont indiqué des responsables des deux pays.
Quelque 1.400 camions du côté pakistanais attendent toujours de pouvoir entrer en Afghanistan.
Le point de passage de Torkham avait été fermé dimanche soir par les autorités afghanes après que les autorités pakistanaises ont imposé de nouvelles règles aux personnes accompagnant des malades.
Lundi matin, une fusillade a éclaté entre les gardes-frontières des deux parties, chacune accusant l'autre d'avoir déclenché la violence.
Les relations entre les deux pays sont tendues et de fréquentes échauffourées ont lieu le long de la frontière.
Islamabad accuse notamment Kaboul qui nie de laisser opérer depuis le territoire afghan les talibans pakistanais du Tehreek-e-Taliban Pakistan (TTP), lesquels ont multiplié les attentats ces derniers mois au Pakistan.
En janvier, un kamikaze a tué plus de 80 policiers dans une mosquée de Peshawar, la capitale provinciale du nord-ouest du pays. Le 17 février, un groupe de kamikazes a pris d'assaut un quartier général de la police dans la ville portuaire de Karachi, dans le sud du pays, faisant cinq morts.
Ces deux attentats sont liés aux talibans pakistanais, qui entretiennent des liens étroits avec les talibans afghans.
Par ailleurs, les deux pays traversent une grave crise économique, l'Afghanistan souffrant d'une baisse de l'aide après la fin de l'occupation soutenue par les États-Unis, et le Pakistan étant paralysé par une récession et une crise des changes qui l'ont mis au bord de la faillite.