Arap Baharı, Tunuslu Muhammed Buazizi'nin 17 Aralık 2010 tarihinde kendini yakması ile başladı. Tunus, Mısır, Libya ve Suriye'de başlayan halk hareketi Bahreyn, Yemen, Cezayir ve Ürdün'de devam etti.
İlk adımının Tunus'ta atıldığı 'Arap baharı' şeklinde adlandırılan halk hareketlerinin ikinci durağı Mısır oldu. 'Öfke Günü' diye anılan 25 Ocak 2011'de başlayan olaylar Mısır'ın en büyük meydanlarından biri olan Tahrir ile tanınmaya başlandı. “Özgürlük, Onur" sloganları atan halk gösteriler ile Mısır'daki baskıcı yönetim ve ekonomik bunalımlardan kurtulmayı hedefledi. Arap halkları adalet ve demokrasi için ayaklandı. Ayaklanmalar karşısında Mısır hükümeti halkın internet erişimini engelledi. Buna rağmen iletişimi sağlayan halk Hüsnü Mübarek'in emri ile polis müdahalesine maruz kalırken, asker halktan yana olduğunu belirterek halka dokunmayacağını söyledi.
Ülke içerisindeki ayaklanmalar ciddi boyutlara ulaşınca Mısır'ı 30 yıl süresince 'demir yumruk' ile yöneten Mübarek yönetimi devrildi. 1981'den beri Mısır'ı yöneten Hüsnü Mübarek 11 Şubat 2011'de istifa etti. Böylece Mısır halkı özgürlük ve demokrasi yolunda önemli bir başlangıcın ilk adımını atmış oldu. Mübarek, yerine Ahmet Şefik'i Başbakan olarak atadı.
Mursi ilk olarak İhvan tarafından 2000 yılında parlamento seçimlerinde aday gösterildi. 2000-2005 yılları arasında milletvekilliği yaptı. Aradan geçen 10 yılın ardından, 28 Ocak 2011 gününde Müslüman Kardeşler Sözcüsü ve Yönetim Kurulu Üyesi Mursi ve beraberindeki Müslüman Kardeşler üyeleri, Mübarek karşıtı protesto gösterilerine destek vermeleri nedeniyle tutuklanarak hapsedildi.
Mursi ve Müslüman Kardeşler üyeleri, birkaç gün sonra kitlesel firarlar sırasında hapisten çıktı. Müslüman Kardeşler tarafından kurulan Hürriyet ve Adalet Partisi, Ocak 2012'de tamamlanan üçlü parlamento seçimlerinden zafer ile çıktı.
Cumhurbaşkanlığı seçimlerine aday olarak Hürriyet ve Adalet Partisi Genel Başkanı Muhammed Mursi, Mübarek tarafından Başbakanlığa atanan Ahmet Şefik, Müslüman Kardeşler'den ayrılan bağımsız aday Abdulmünim Futuh, Şeref Partisi Genel Başkanı Hamdin Sabbahi ve Arap Birliği eski genel sekreteri Amr Musa katıldı.
Seçimde yeterli çoğunluğu sağlayamayan Mursi ve Şefik ikinci turda şanslarını aradılar. Muhalif partilerin boykotuna rağmen Hürriyet ve Adalet Partisi lideri Muhammed Mursi oyların yüzde 51,7'sini alarak Cumhurbaşkanı seçildi. Böylece Muhammed Mursi, Mısır'ın seçimle başa gelen ilk Cumhurbaşkanı oldu.
Seçim sürecindeki önemli bir nokta ise 17 Haziran 2012 tarihinde yapılacak ikinci tur öncesi Mursi'nin Cumhurbaşkanı olma ihtimaline karşı Yüksek Askeri Konsey tarafından Cumhurbaşkanı'nın yetkilerini kısıtlayan maddeleri anayasaya eklemesi oldu. Bu yeni maddeler ile Cumhurbaşkanı'nın subayları ve başsavcıyı ataması engellendi.
Seçilmesinin ardından ilk yeminini kendisini coşku ile karşılayan halkın önünde Tahrir meydanında yapan Mursi, halka sokağın sesinin önemli olduğunu ifade etti. Mursi, daha sonra Anayasa mahkemesi önünde yemin ederek resmi görevine başladı. Eski Sulama Bakanı Hişam Kandil'i Başbakan olarak atadı.
İktidarının daha ilk günlerinde yine iş başında olan Yüksek Askeri Konsey, Mursi'ye 100 gün projesini dayattı. Konsey, bu proje ile Mursi'nin ülkenin içinde bulunduğu güvenlik, temizlik, trafik, yakıt sorunlarını 100 gün içerisinde çözmesi gerektiğini söyledi.
Mursi, yönetimi ele almasıyla birlikte siyasi hayatı yargı ve bürokrasinin dışına çıkarmayı hedefledi. İktidarı süresince çeşitli meydan okumalarla karşı karşıya kalan Mursi, devrik lider Mübarek'in kalıntılarını kaldırmak için mücadele ederek radikal kararlar aldı. Daha fazla siyasi katılım ve işbirliği için tüm çevrelere diyalog çağrısında bulundu. Birçok konuda yargı engeline takılan Mursi için Mübarek taraftarları protesto gösterileri düzenledi. Başlarda bazı İslamcı gruplar ile laik, liberal sol kesimler arasında bir anlaşmazlık çıktı. Görevinin ilk yılından itibaren Mursi için itibarsızlaştırma çalışmaları başlatıldı. Tahrir Meydanı Mursi'yi istemeyen bazı grupların gösterilerine sahne oldu. Mursi, 2012 Ağustos'una gelindiğinde Yüksek Askeri Konseyi Başkanı Tantavi'nin emekli olmasına karar verdi.
Yeni anayasa taslağı yazmakla görevli kurucu meclisin çalışmalarını tamamlamasıyla 1 Aralık 2012'de Anayasa Referandumuna gidileceği, 15-22 Aralık tarihlerinde iki aşamalı olarak yapılacağı bildirildi. Karar üzerine farklı gruplar tarafından karşılıklı gösteriler düzenlendi. Referandum, ilk aşamada yüzde 57 ikinci aşamada ise yüzde 64 oy oranında “evet" ile kabul edildi.
2013 yılında Mursi'ye karşı alınan tavır daha da keskinleşti. Mübarek'in devrilme sürecine ev sahipliği yapan Tahrir Meydanı bu kez Nisan 2013'de Mursi karşıtlarının gösteri alanı oldu. 30 Haziran 2013 tarihindeki muhaliflerin kitlesel protestoları darbeye ulaşan yolun son adımı oldu.
1 Temmuz 2013'de Mısır ordusu, 48 saat içerisinde ülkedeki siyasi krizin çözümlenmesi gerektiğini aksi takdirde yönetime el koyacaklarını ilan etti. Mursi bu uyarının ardından tarihe geçen o konuşmasını yaptı.
3 Temmuz günü daha önce bizzat Mursi tarafından atanan Mısır Genel Kurmay Başkanı Abdülfettah es-Sisi beraberinde askeri yetkililer, Ezher Şeyhi Ahmed et-Tayyib, Kıpti Patriği Tavadros, ile Selefi Nur Partisi temsilcisi Muahmmaed Abdulaziz ve Muhammed Baradey, Mısır'ın ilk seçilmiş Cumhurbaşkanı Mursi'nin düşürüldüğünü açıkladı.
25 Ocak 2011 günü büyük ümitlerle başlanan dönüşüm süreci 3 Temmuz 2013 günü gerçekleştirilen askeri darbe ile sona erdi. Darbe beraberinde, Mursi ve Müslüman Kardeşler yöneticilerine önce seyahat yasağı, daha sonra ise yargılanarak idam ve müebbet hapis cezaları getirdi.
Darbe sonrası yaptığı açıklamada Mursi, kesinlikle kararı kabul etmediğini ifade etti ve kendisini destekleyenlere direnmelerini söyledi. Mursi; "Şu anda Cumhurbaşkanıyım, aynı zamanda ordunun komutanıyım" dedi. Mursi, göreve geldiği ilk günden itibaren seçimle geldiğini ve ancak seçimle gideceğini ifade etmişti.
Mursi'nin önce gözaltına alındığı ve ev hapsinde tutulacağı belirtildi. Ve gözaltında tutulduğu yer uzun süre kamuoyundan saklandı.
Askerin yönetime el koymasının ardından bazı televizyon kanallarının yayını durduruldu. Güvenlik güçleri, çeşitli yerlere düzenlediği operasyonlarda binlerce kişiyi gözaltına aldı. Mısır'ın ilk seçilmiş Cumhurbaşkanı için kullanılan oylarına, özgürlüklerine ve geleceklerine sahip çıkmak isteyen Mısır halkı tarihe geçen sivil direniş için Rabia Meydanı'nı doldurdu. Darbe karşıtları Giza'da Nahda Meydanı'nı doldururken Kahire'de Rabia Meydanı sivil direnişin sembolü haline geldi.
Mısır ordusu 8 Temmuz'da Kahire Cumhuriyet Muhafızları binası önünde oturma eylemi yapan protestoculara açtığı ateş sırasında 50'den fazla kişi hayatını kaybetti. 27 Temmuz'da Rabia Camii önünde toplanan darbe karşıtların Baltacılar denilen eli satırlı grup ve asker saldırdı. Bu saldırıda da en az 80 kişi öldü. Art arda yaşanan saldırılarda çok sayıda muhabir ve gazeteci de hayatını kaybetti.
Ordu, 11 Ağustos'ta sivil direnişçilere ültimatom verdi ve bir an önce meydanları boşaltmalarını istedi. Protestocuların uyarıya rağmen dağılmaması üzerine 14 Ağustos günü asker, zor kullanmaya başladı. Mursi yanlısı göstericilerin çadırlarını yakan asker, yerleşimlerini de yıkıp geçti. Rabia Meydanı'nda birçok insanı katleden Mısır Ordusu, kefenlenmiş cesetleri de buldozerlerle ezip ateşe verdi.
Ülke genelinde olağanüstü hal ilan edildi. Askerin 16 Ağustos'ta tüm ülkede gerçekleştirdiği müdahalelerde 173 kişi öldü. Mısır Ordusu tarafından sivillere karşı yapılan katliamda keskin nişancılar görev aldı. Gerçek mermiler, gaz bombaları, hava saldırılarıyla meydandaki insanlar öldürüldü. Meydanda kurulan seyyar hastaneler ateşe verildi. Hastane içerisinde bulunan doktor ve yaralılar da can verdi.
Darbe karşıtlarına ev sahipliği yapan Rabia Meydanı'nda bulunan Rabia Camii Mısır güvenlik güçleri tarafından ateşe verilerek kullanılamaz hale getirildi.
17 Ağustos'ta çok daha acı bir olay yaşandı. Aralarında kadın ve çocukların bulunduğu 700 gösterici yanlarında cesetlerle birlikte Kahire'deki Fetih Camii'nde mahsur kaldı. Cami askerler ve baltacılar tarafından 24 saat boyunca kuşatıldı. Müslüman Kardeşler mensupları teker teker tutuklanmaya başlandı.
Müslüman Kardeşler mensuplarının önde gelen isimlerinden üst düzey yönetici Muhammed Biltaci'ni kızı Esma Biltaci Rabia Meydanı'ndaki darbe karşıtlarıyla birlikte protesto gösterilerine katıldı. 17 yaşındaki Esma, keskin nişancılar tarafından vurularak şehit edildi. Babası Muhammed Biltaci, kızının şehadetinin ardından kızının diğer şehitler gibi cennete gittiğini ve asıl kazanılması gereken hayatın o olduğunu ifade ederek gözyaşları içerisinde darbe yönetimine karşı direnişlerini sürdüreceklerini söyledi. Baba Biltaci, arandığı için kızının cenazesine katılamadı. Yakalanan Muhammed Biltaci önce idama daha sonra müebbet hapse mahkûm edildi.
2015 yılında Ulusal İnsan Hakları Konseyi tarafından hazırlanan raporda Mısır'ın seçilmiş Cumhurbaşkanı Muhammed Mursi'ye yapılan askeri darbe sonrası 30 Haziran 2013 ile 31 Aralık 2014 tarihleri arasında 2 bin 600 kişinin hayatını kaybettiği ifade edildi.
Tora cezaevinde bulunan Mısır Cumhurbaşkanı Muhammed Mursi ve Dünya Müslüman Alimler Birliği Başkanı Yusuf el Karadavi'nin de aralarında olduğu 106 kişi hakkında Mısır Mahkemesi tarafından verilen idam kararı görüşü alınmak üzere Mısır Müftüsüne gönderildi. Başmüftü'nün nihai kararı ile Mursi'nin "casusluk davası"ndan müebbet hapsine, "hapishane baskını davası"ndan idamına hükmedildi.