Yeni yasama dönemindeki çalışmalarına DHMİ'nin 1998 ve 1999 yılı hesapları ile Olimyat Oyunlarını Hazırlama Komitesi'nin 1998 yılı hesaplarını incelemekle başlayan Meclis KİT Komisyonu, her iki kurumun hesaplarını da yolsuzluk iddiaları nedeniyle görüşemedi. Komisyon üyelerinden gelen talepler doğrultusunda, Başbakanlık Yüksek Denetleme Kurulu'nun iki ayrı kurum hakkında "özel inceleme raporu" hazırlaması kararlaştırıldı. Buna göre, sözkonusu kurumlarla ilgili incemeler, YDK'nın özel inceleme raporunun ardından üst komisyonda ele alınacak.

Köşk ile hükümet arasında krize neden olan kamu bankalarının hesaplarının incelenmesi KİT Komisyonu'nda da sorun oldu. Komisyon, Türkiye Ziraat, Halk ve Emlak Bankası'nın son yıllardaki hesaplarını üst komisyonda bir türlü görüşemiyor.