Mystery Inc.'in kapatılmasının üzerinden iki yıl geçmiştir. Scooby Doo, dedektif arkadaşları Fred, Daphne, Shaggy ve Velma ile birlikte Spooky Adası'na gönderilirler. Tatil yerinin sahibi Emile Mondavarious onlardan, adları kötü işlerle anılan dedektifleri biraraya getirerek, bu adadaki gizemi çözmelerini ister.