Son maceralarında düşmanları Shredder'ı öldürdükten sonra birbirlerinden kopan ninja kaplumbağalar, hayatlarını kazanmak için ayrı ayrı yollara sapmışlardır. Bu sırada usta Shredder New York'ta garip olayların başgösterdiğini fark eder. Ninja Kaplumbağalar; tekrar bir araya gelir.