Asıl adı Mehmet Şemseddin olan Akşemseddin 1389 yılında Şam'da dünyaya geldi. İlk temel eğitimini babası Şeyh Hamza'dan aldı. Şeyh Hamza oğlunun eğitimine özel bir ilgi gösterdi. Akşemseddin yedi yaşına geldiğinde hafız olmuştu bile. Babasının ölümünden sonra Amasya ve Osmancık medreselerinde eğitimini tamamlayan Akşemseddin, müderris (üniversite hocası) oldu. Ancak tasavvufa yönelip, kendini bulmak için müderrisliği bıraktı ve doğduğu yer Şam'a gitti. Ama orada aradığını bulamadı, diyar diyar gezmeye başladı. Gittiği her yerde herkes onun Ankara'ya Hacı Bayram Veli'nin yanına gitmesini söyledi. “ Akşemseddin dinledi insanları ve Ankara'ya vardı. Oradakilere Hacı Bayram Veli'yi sordu. İki öğrencisiyle dükkan dükkan gezip fakirler için para toplayan Hacı Bayram Veli'yi görünce 'boşuna gelmişim buralara' dedi ve Halep'e yol aldı. Günlerce yol gittikten sonra, Halep'e saatler kalmışken, bir rüya gördü. Rüyasında zincirlenmiş haldeydi ve zincirin ucu Hacı Bayram Veli'nin elindeydi.
Hemen Ankara'ya geri döndü ve Hacı Bayram Veli'nin yanına koştu. Hacı Bayram Veli'yi öğrencileriyle tarlada çalışırken buldu, o da hemen işe koyuldu, yemek zamanı geldiğinde Hacı Bayram Akşemseddin'in yüzüne bakmadı bile. Daha sonra Akşemddin'in tevazusundan etkilenen Hacı Bayram Veli ona 'Köse kalbimize girdin, Zincirle zorla gelen misafiri böyle ağırlarlar" dedi. Hacı Bayram Veli tarafından özel ilgi gösterilen Akşemseddin bunu çok iyi değerlendirdi. Kısa sürede tasavvufun bütün yollarını ve inceliklerini öğrendi. Artık ayrılma vakti gelmişti. İznini alıp ilk önce Beypazarı'na yerleşti, ancak orada kısa sürede üne kavuşunca oradan ayrıldı. Çorum iline bağlı olan İskip'e geçti, en son Bolu'nun Göynük ilçesine yerleşti. Burada bir değirmen ve ibadethane inşa edip 10 tane olan (bazı kaynaklara göre 12) çocuklarının eğitimine yöneldi. Hocası Hacı Bayram Veli ölüm döşeğinde benim cenaze namazımı Akşemseddin kıldırsın, cenazemi o yıkasın deyince herkes her yerde onu aradı. Halk kararsız ve üzüntülü bir halde yollara bakarken Akşemddin geldi ve hocasının cenazesini kaldırdı. Borçlarının bir kısmını ödedi ve tekrar Göynük'e döndü. Akşemseddin tasavvufun yanı sıra tıbba da merak saldı. Yazdığı kitapta kendisinden 2 asır sonra bulunduğu söylenen mikroplardan bahsetmiş 'Hastalıkların insanlarda teker teker ortaya çıktığını sanmak hatadır. Hastalık, insandan insana bulaşmak suretiyle geçer. Bu bulaşma, gözle görülmeyecek kadar küçük, fakat canlı tohumlar vasıtasıyla olur' demişti.
Fatih'in üstadı Akşemseddin II. Murat kendini her yerde sevdiren bu alimi, şehzadesi Mehmed'in eğitimi ile meşgul olması için görevlendirdi. İstanbul'un fethi sırasında padişah onu da yanında görmek istedi. Anadolu'daki velilerle birlikte o da fethe katıldı. Ancak İstanbul fethedilmesi zor bir şehirdi, kuşatma uzadıkça çatlak sesler çıkmaya başlamıştı. Ama Akşemddin hocası Hacı Bayram Veli'nin “İstanbul'un fethini şu çocukla(II Mehmed) bizim köse(Akşemseddin) görürler" sözünü unutmuyor ve gönülden inanıyordu. Çatlak seslerin dozu iyice artıp padişaha yüklenmeler başlayınca II. Mehmed vezirini gönderip şehrin fethinin mümkün olup olmayacağını ve zamanını sordu. Akşemseddin ona “Cemâziyelevvel ayının yirminci günü, seher vaktinde, inanç ve gayretle filan taraftan yürüsünler. O gün feth ola. Kostantiniyye'nin içi ezan sesiyle dola!" cevabını verdi. Söylenen gün ve saat geldiğinde hücuma geçmek üzere olan padişah akıl hocasından bir dua istedi. Hocası “Ya Fakih Ahmed!" diyerek himmet talep eyle! Onu vesile kılarak Allahü tealaya tazarru ve niyaz eyle" dedi ve çadırına çekildi. Padişah hocasını bu fetihte yanında görmek istedi, haber saldı ama Akşemseddin gelmedi. Bu sefer bizzat kendi gidip çadırında küçük bir delik açıp içeri baktığında hocasını secdeye kapanmış, başından sarığı düşmüş, ak saçı ve ak sakalı nur gibi parlıyorken buldu. Ak saçını ve ak sakalını toprağa sürüp İstanbul'un fethinin gerçekleşmesi için dua ediyor, gözyaşı dökerken gördü.
Kısa süre sonra askerler surları aştı, İstanbul'un fethi ve Peygamber efendimizin büyük mucizesi gerçekleşti. Fatih Sultan Mehmet İstanbul'a beyaz bir at ile girdiğinde yanında hocası Akşemseddin vardı. Kendisine sevgi gösterisinde bulunup çiçek vermek isteyenler 22 yaşındaki gencin değil, yaşlı olan Akşemseddin'in padişah olduğunu düşünerek ona yöneliyordu. Akşemseddin utana sıkıla gelenlere “Sultan Mehmed ben değilim, odur" diyordu.
II. Mehmed İstanbul'un fethin ardından Ayasofya'da hutbesini tamamladıktan sonra, minberden indi ve Akşemseddin'i imâmete geçirdi. Böylece Akşemseddin, fethin ilk Cuma namazını kıldırmış oldu. Genç padişah bir gün hocasını ziyarete geldi ve ona 'İstanbul'un fetih zamanını nasıl bildin diye sordu, Akşemseddin müjdeyi Hızır Aleyhisselam'dan aldığını söyledi. Ayrıca II. Mehmed, Ebu Eyyub-i Ensari (Eyüp Sultan)'nin mezarını bulmasını istedi ve hocası onu da gerçekleştirdi. Akşemseddin padişahın bütün ısrarlarına rağmen İstanbul'da kalmadı, Göynük'e çekildi ve burada 16 Şubat 1459'da 70 yaşında vefat etti. İstanbul'un fatihi II. Mehmed hocasına bir türbe yaptırdı.
Not: Bir söylentiye göre İstanbul'un fethinden sonra padişah sık sık hocasını ziyarete gelirmiş. Bir gün hocasına 'Ne olur beni de dervişlerinizin arasına alın' deyince Akşemseddin '“Osmanoğulları'nın dervişe değil, sultana ihtiyacı var' demiş. Ancak yetiştirdiği öğrencisini iyi tanıdığından İstanbul'dan ayrılıp evine dönmüş.