Kurumun tarihi çok eskilere uzanıyor. Mısır'daki Fatimi Hanedanlığı tarafından 975 yılında kurulan El Ezher Üniversitesi; beş örgütten oluşan, önemli bir din merkezidir. El-Ezher dışındaki diğer örgütler; Yüksek Konsey, İslam Kültür Yönetimi, İlk ve Orta öğretim kurumları ve İslami Araştırmalar Akademisidir.
El Ezher Üniversitesi, 5 ayrı fakültede Arapça ve İslami ilimler eğitimi vermektedir. Bunlar; İslam ve Medeni Hukuk Fakültesi, Arap Dili ve Edebiyatı Fakültesi, Din Usulleri Fakültesi, İslami Eğitim ve Arapça Fakültesi ve İslami Davet Fakültesi'dir. Üniversitenin yüksek okullarıyla beraber öğrenci sayısı 1 milyon'u geçmektedir.
Ezher, İslam toplumuna alim yetiştiren bir kurum olmakla beraber, uzun yıllardır modern bilim dallarında da eğitim veren bir üniversite olmuştur. Kurum bünyesine daha sonra uygulamalı bilimler için Tıp, Mühendislik, İşletme, Ekonomi, Fen, Eczacılık ve Tarım gibi yeni fakülteler eklenmiştir.
Ezher Üniversitesi İslam dünyasında önemli ilim adamlarının yetişmesine olanak tanımış, Mısır'ın içsel dinamiklerini ve medeniyetini korumasına ve temsiline önemli katkılar sağlamış köklü bir okul olma özelliği taşır.
Üniversitede dünyanın 103 ülkesinden öğrenci bulunur. 45 fakülte ve 7.000'e yakın öğretim elemanıyla ciddi ve düzeyli bir eğitim ortamına sahiptir. Dünyanın dört bir yanından gelen öğrenciler sayesinde üniversitenin etkisi zamanla artmıştır.