Diğer taraftan ise bürokrasi de yeni sisteme uyumlu hale getiriliyor. Başbakanlık bünyesinde, kamuda yürürlükte olan tüm başbakanlık genelgeleri tekrar tasnif ediliyor. Genelgelerin 2019’dan sonra geçerli olacakları Cumhurbaşkanlığı hükümet sistemine göre yeniden düzenleniyor. Sisteme geçilmesi ile birlikte boşluk oluşmaması için çalışmalar özenle yürütülüyor. Yeni sistemle birlikte kaldırılacak olan başbakanlık makamının yetki ve sorumluluk alanlarının hızlı bir şekilde Cumhurbaşkanlığı makamına devredilmesi için gerekli düzenlemeler yapılıyor.