MHP, 2002 genel seçim hazırlıkları doğrultusunda Bahçeli'nin talimatı ile partinin araştırma ve geliştirme birimi ve hukukçular grubu “başkanlık sistemi” çalışması başlattı. Bahçeli, 2001 yılında, tek başına iktidar olurlarsa başkanlık ya da yarı başkanlık sistemine geçileceğini ve sistemin parti stratejisinde yer alacağı savundu.
Tayyip Erdoğan'ın Türkiye'nin ihtiyacının başkanlık sistemi olduğunu savunmaya başladıktan sonra Bahçeli, bu sistemden dönüş yaptığı görülüyor.
Ancak hesapları tutmayan MHP, 2002'deki erken seçimde barajı aşamadı ve Meclis dışı kaldı. 2001'de başkanlık sistemini savunan Bahçeli, bu yıl parti kampında, “Türkiye'nin yeni anayasa kılıfı altında başkanlık sistemine geçmesine ortak olamayız” mesajı verdi.